随着经济改革的不断深化，作为社会重要组成部分的科研事业单位，内、外部环境发生很大变化，财务管理方面出现不少问题。在面临越来越激烈的市场经济竞争，需要扭转传统的粗放型管理观念，增强自身的财务管理水平。
一、 科研事业单位财务管理存在的问题
1、预算管理不到位
预算编制工作尚未在单位内全面展开，财务部门只是简单地对各专业部门提出的专项经费进行汇总，缺乏深入研究，不能准确地反映实际工作和科研事业单位发展的必需。同时，缺乏对预算执行的有效监督，预算的约束力不强，挤占挪用的问题普遍存在。
2、财务管理制度不健全
建立健全财务管理规章制度是提高财务管理水平最直接、有效的途径。虽然大部科研事业单位都有自身的财务管理办法，但办法本身内容过于简单，侧重于经费支出审批程序等会计基础工作，忽视了预算管理、收入管理、资产管理、财务分析等财务管理中非常重要的职能作用。
3、会计基础工作薄弱
反映在会计核算不规范，账目设置较随意，账务处理不严谨，财务手续不健全。如：一些单位只设总账，明细账则不设或随意设，使得资产不明细，债权债务不清；许多经济事项无合同、协议，仅凭发票报销，无原始清单等。
4、货币资金管理有漏洞，资金安全存在隐患
有些单位的会计、出纳不相容职位没有严格分离，有的岗位互串；单位对出纳监督不够，很少对库存现金进行盘点；大额开支用现金支付，公款私存现象在部分单位仍然存在。资金使用计划性不强，费用开支不透明。资金使用随意，未制定计划、消耗定额等，资金使用效率低下。
5、固定资产管理不严格
长期未对固定资产进行清理和盘点，致使虚增固定资产。另外由于单位多元化（外购、自建、自行研制、接受捐赠）的固定资产形成渠道，容易造成对部分固定资产未入账，形成账外资产，致使账面资产与实际资产不相符。
6、对外投资管理不规范
由于科学事业单位的特殊性，单位对使用科研成果形成的无形资产投资，因被投资单位改制、股权社会化等原因发生的增值或减值，未及时进行账务处理，造成账面投资与实际投资不相一致。有些投资虽然及时进行了账务处理，但未按规定办理非经营性资产转经营性资产手续。有的单位对投资管理不到位，未按时行使投资人权利，容易造成资产流失。
7、财务分析不够精确
多数科学事业单位仍停留在传统的“报账型”会计，提供的会计信息仅限于历史数据，对单位的财务活动没有进行预测和分析，往往造成事后算账多、事前控制少的被动局面，使财务管理不能很好地发挥对单位财务活动的指
导作用，无法为领导、各级管理层和科研项目负责人提供有价值的参考数据资料。
二、加强和规范科研事业单位财务管理举措
1、建立和完善管理制度
建立科学事业单位财务管理创新机制，要以制度建设为根本，将财务管理纳入法制化轨道。
（1）、进一步完善科研经费管理制度。科研事业单位科研项目经费管理是一项政策性、科学性很强的工作，在实际工作中，要使科研人员和财务人员共同做到有法可依、有章可循，就必须制定和完善一套适应不同性质研究工作要求，且具有可操作性的科研经费管理办法。目前，科研经费管理制度建设工作的当务之急是要适应新形势，尽量统一科研经费管理办法及其实施细则，尽量统一各类科研计划的预算科目，使各类科研经费的使用效益和效率能够量化统计。
（2）、建立健全国有资产管理制度。首先要建立国有资产内部监督制度，并将工作的重点放在对国有资产使用、处置、投资及其他情况的内部监督上，定期或不定期的进行清查盘点；其次要建立国有资产处置审批权限制度，确保国有资产的安全与完整；再次要建立对外投资的跟踪监管制度，及时行使投资人权利，确保国有资产不流失。
（3）、建立健全单位内部控制制度。科学事业单位的内部控制制度，一是以预防控制为主，事后控制为辅，包括组织控制、人事控制、程序控制、纪律控制等；二是注重程序制约，对主要业务的控制，必须经过授权、批准、执行、记录、检查等控制程序；三是注重责任牵制，在机构设置与岗位分工时，一定要明确各部门及个人应承担的责任，并规定责任的惩处及奖励措施。
2、强化预算管理
科学合理地编制部门预算，实行预算内外综合统筹，进一步细化收支项目。严格执行部门预算，坚持按项目、按时间、按进度支出，不准随意变更预算项目、超预算安排支出。要坚持以收定支，确保年度收支平衡或略有结余，禁止出现红字，留下缺口。因特殊情况确需调整预算或追加支出的，应当按照规定的程序报批。
3、编制资金使用计划，从严控制支出
各单位都应根据各自的情况，科学合理地编制资金使用计划，制定费用消耗限额及定额，严格控制开支范围和开支标准，优先保证正常运转需要，最大限度地挤出资金用于事业发展，对于节约潜力大、管理薄弱的支出项目要实行重点管理和控制。
4、各单位应规范财务核算，建立健全财务管理制度
对薄弱环节和重要岗位要加强控制，细化责任，做到制度管人，责任到人。不相容职务一定要分开，保证资金安全。所有资产都要定期核对，切实做到账账、账实相符。
5、全面提高财务人员素质
事业单位职能的转变，对财会人员提出了更高的要求。现代财务管理要求财会人员由传统的“核算型”向“管理型”和“经营型”会计转变，这就要求财会人员素质过硬以适应市场经济发展。科研事业单位要结合单位具体情况，对会计人员加强培训，全面提高会计人员的专业判断能力和职业道德水准。组织会计人员参加政策法规、业务知识等方面的培训和学习，增强会计人员的职业道德和法制观念，大力培养知识经济时代需要的复合型人才。
6、加强财务分析,发挥辅助决策职能作用
科研事业单位财务分析工作是财务管理的重要组成部分和必要手段。在新形势下，财务管理工作要充分利用信息化发展的手段，建立起能够适应科研创新需求的财务分析体系，实现经费实时、动态管理，同时，根据科研管理工作的需要，对财务数据进行多层次、多视角的分析，加大财务监督和控制，满足科研人员和管理人员对财务信息的特殊需求，为科学决策提供依据。
7、强化监督检查工作
一是推行民主理财，定期公开财务，增加资金使用透明度，自觉接受群众监督；二是完善考核办法。有关部门应科学地制定考核单位财务管理状况及资金使用效果的指标，并将其纳入干部业绩考核；三是有关职能部门应加强监督、指导，促进各单位严格遵守财经法规，规范财务管理，提高资金使用效益。
总之，科研事业单位财务管理工作是一项较为复杂的系统工程，只有遵守国家财经法规、严格预算管理、更新财务管理观念、创建财务管理新方法、建立健全有效的内部控制制度，才能取得新成效。
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